本校高教深耕計畫管控機制運作說明如下：

(一)各面向主持人每月定期召開計畫討論會議，落實各面向之計畫目標、進度及追蹤經費執行情形；為有效掌握進度及追蹤，以利計畫目標之達成，教學卓越中心指定專責人員擔任各面向計畫之聯絡窗口，隨時掌握各子計畫執行進度，定期召開計畫執行暨管考會議，由各面向提報計畫及經費執行進度表，追蹤考核整體計畫之目標、工作進度及經費執行情況，考核結果回饋至各面向執行單位，以確保計畫執行品質；校內每半年會召開一次大型管考會議以稽核進度。

(二)導入內控稽核機制，與現有會計制度整合，由會計系統進行預算動支及核銷。本校高教深耕計畫經費管控作業則與內控稽核機制結合，對各面向評估其執行狀況與指標達成率，確保預算執行品質與進度，作為切實執行之依據。

(三)教學卓越中心成立「高教深耕計畫指導諮詢委員會」，每年召開一次指導諮詢委員會議，聘請外部委員提供計畫推動方向之諮詢與建議，並協助檢視及考核計畫執行成效。藉由外部評鑑，確保整體計畫之執行成效。